مهدی باکری در سال 1333 در شهرستان میاندوآب در یک خانواده مذهبی متولد شد. در دوران کودکی، مادرش را از دست داد.

تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره دبیرستان (همزمان با شهادت برادرش علی باکری به دست دژخیمان ساواک) وارد جریانات سیاسی شد.

پس از اخذ دیپلم با وجود آنکه از شهادت برادرش بسیار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مکانیک مشغول تحصیل شد.

شهید باکری در طول فعالیت های سیاسی خود از طرف سازمان امنیت آذربایجان شرقی (ساواک) تحت کنترل و مراقبت بود.

با این حال در دوره سربازی با تبعیت از اعلامیه امام خمینی (ره) - در حالی که در تهران افسر وظیفه بود - از پادگان فرار کرده و به صورت مخفیانه زندگی کرد و فعالیت های گوناگونی را در جهت پیروزی انقلاب اسلامی نیز انجام داد.

شهید باکری بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد.

پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد و همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزنده ای را از خود به یادگار گذاشت.

ازدواج شهید مهدی باکری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود که دو روز بعد از عقد نیز به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسوولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزنده ای برای مردم انجام داد.

شهید باکری در مدت مسوولیت خود به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاش های گسترده ای را در برقراری امنیت و پاکسازی منطقه از لوث وجود وابستگان و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به رغم فعالیت های شبانه روزی در مسوولیت های مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تکلیف خویش را در جهاد با کفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه ها شد.

مهدی باکری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در کسب پیروزی ها موثر باشد. در این عملیات یکی از گردان ها در محاصره قرار گرفته بود که باکری به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد.

در همین عملیات در منطقه «رقابیه» بود که باکری از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله کمتر از یک ماه در عملیات بیت المقدس شرکت کرد و شاهد پیروزی لشکریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود.

در مرحله دوم عملیات بیت المقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحت هایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی سیم هدایت کند.

شهید باکری در عملیات «رمضان» با سمت فرماندهی تیپ «عاشورا» به نبرد بی امان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد اما با هر نوبت مجروحیت، وی بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه روز تلاش می کرد.

در عملیات «مسلم بن عقیل» با فرماندهی او بر لشکر «عاشورا» و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد.

شهید باکری در عملیات والفجر مقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه جانبه ای را از خود نشان داد.

در عملیات «خیبر» زمانی که برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی که به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده اش تماس گرفت و چنین گفت شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده است و در نامه ای خطاب به خانواده اش نوشت من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلاست، همچنان در جبهه ها می مانم و به خواست و راه شهید ادامه می دهم تا اسلام پیروز شود.

نقش شهید باکری و لشکر عاشورا در حماسه قهرمانانه «خیبر» و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی که آنان در دفاع پاتک های توانفرسای دشمن از خود نشان دادند بر کسی پوشیده نیست.

در مرحله آماده سازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به کندی می گذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب کرد و چونان مرشدی کامل و عارفی واصل، آنچه را که مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بکار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت.

مهدی باکری بعد از شهادت برادرش حمید و 15 روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از امام رضا(ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهادت را نصیبش کند سپس خدمت امام خمینی (ره ) و حضرت آیت الله خامنه ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.

این فرمانده دلاور در عملیات «بدر» در 25 بهمن سال 1363 به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق‌ معمول به خطرناکترین صحنه های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می‌کرد، تلاش کرد تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتک های دشمن تثبیت کند که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل شد.